個人情報ファイルとは、個人情報保護法第5章（行政機関等の義務等）の語で、保有個人情報を含む情報の集合物であって、一定の事務の目的のために特定の保有個人情報をコンピュータで、又は氏名・生年月日などで容易に検索できるように体系的に構成したものをいいます（60条2項）。民間事業者には「個人情報データベース等」の語が使われます。
行政機関の長は、個人情報ファイルを保有しようとするときは原則として個人情報保護委員会に通知し（74条）、行政機関の長等は原則として個人情報ファイル簿を作成・公表します（75条）。