定款自治とは、会社が、法律の規定に違反しない範囲で、定款によって自社の組織や運営のルールを定めることができるという考え方を指す言葉で、法令上の用語ではありません。会社法は、株式会社の定款に、法律の規定により定款で定めなければ効力を生じない事項と、その他の事項で法律の規定に違反しないものを記載できるとしています（会社法29条）。
持分会社も同様です（577条）。会社法は「定款に別段の定めがある場合を除き」などと個々の条文で定款自治を認めており、明文がない事項で異なる定めができるかには議論があります。