荷主勧告制度とは、トラック運送事業者が輸送の安全に関する規定（過積載の防止など）に違反して行政処分を受ける場合に、その違反が荷主の指示によるなど主として荷主の行為に起因し、事業者への処分だけでは再発防止が難しいときに、国土交通大臣が荷主に再発防止のための適当な措置を勧告し、その旨を公表する制度です（貨物自動車運送事業法65条）。
勧告の前には、荷主の事業を所管する大臣の意見を聴きます。当分の間の措置として、違反の原因となるおそれのある行為をする荷主への要請・勧告の制度もあります（附則1条の2）。